外卖App处理用户菜品替换需求的方式通常包括以下几个步骤：

用户在下单时，如果对某些菜品有过敏或不喜欢的食材，可以在订单备注中提出替换要求，例如“不要葱”、“换成西兰花”等。

商家收到订单后，会查看用户的备注信息，并根据实际情况确认是否能够满足用户的替换需求。如果商家能够提供替换的食材，他们会在订单中进行相应的修改。

如果商家无法满足用户的替换需求，或者用户的要求不明确，外卖平台可能会介入协调。平台会与用户联系，进一步了解用户的需求，并尝试提供其他解决方案，如提供类似菜品的推荐或提供部分退款等。

一旦商家确认可以进行菜品替换，他们会更新订单信息，并通知用户订单的修改情况。用户会收到订单更新的通知，确认菜品替换后的订单内容。

骑手在取餐时，会确认订单内容是否与用户的要求一致。如果有任何问题，骑手会与商家或用户进行沟通。用户在收到订单后，可以检查菜品是否符合替换要求，并在App上提供反馈。

通过上述流程，外卖App可以有效地处理用户的菜品替换需求，确保用户能够享受到满意的服务。同时，这也有助于提高用户的忠诚度和平台的口碑。