运营者在打车App中设置用户权益保护可以从以下几个方面入手：

运营者应采取措施保护用户的个人信息安全。这包括在注册时对采集的个人信息进行加密处理，并严格限制员工和司机对这些信息的访问权限。同时，平台也应防止用户信息被泄露或滥用。

为确保用户的安全，运营者应对司机进行严格的背景调查，并要求司机提供有效的从业资格证明和车辆证照。此外，在行程中，用户可以通过手机定位功能分享行程信息给紧急联系人，以确保乘车安全。

运营者应通过严格的司机招募和评价系统来监控和改善服务质量。用户可以通过平台的评价系统对司机的服务进行评价，这有助于提高整体服务质量。

运营者应确保价格透明和公正，用户在预订或使用服务前应能清楚了解到准确的费用信息，包括基础费用、里程费用、等待费用等。平台不应任意涨价或隐藏费用。

运营者应采取措施确保用户的隐私和个人信息安全。用户的个人信息不应被滥用或泄露，平台应采取措施确保信息的安全性和保密性。

运营者应建立健全的投诉处理机制，及时受理用户投诉，并在规定的时间内给予回复。这一机制应确保用户在服务质量、价格争议等问题上的合理维权。

运营者应确保其服务符合所有相关的法律法规，包括但不限于运输服务管理办法、道路交通安全法等。这有助于明确用户的权益和责任，规范平台运营行为。

运营者可以通过推广宣传、提供服务指南等方式，向用户普及相关知识，如如何正确使用平台上的服务，如何判断司机的合法身份等。同时，也需要用户自身保持警惕，对于非法经营或存在安全隐患的情况，要及时向相关部门投诉。

通过上述措施，运营者可以有效地保护用户的权益，提高用户的满意度和忠诚度，从而促进打车App的长期发展。